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授業情報/Class Information

科目一覧へ戻る 2022/12/02 現在

基本情報/Basic Information

開講科目名
/Course
バイオインフォマティクス特論/Bioinformatics
時間割コード
/Course Code
S222000030
ナンバリングコード
/Numbering Code
開講所属
/Course Offered by
理工学研究科/
曜日コマ
/Day, Period
木 3
開講区分
/Semester offered
後期/second semester
単位数
/Credits
2.0
学年
/Year
1,2
主担当教員
/Main Instructor
種田 晃人/TANEDA AKITO
科目区分
/Course Group
大学院(博士前期課程) 専門科目
教室
/Classroom
必修・選択
/Required/Elective
選択
授業形式
/Class Format
講義科目
メディア授業
/Media lecture

担当教員情報/Instructor Information

教員名
/Instructor
教員所属名
/Faculty/Department
種田 晃人/TANEDA AKITO 理工学研究科/
難易度(レベル)
/Level
レベル5
対応するDP
/DP
DP1・DP2・DP3
授業としての具体的到達目標
/Concrete arrival target as the class
○バイオインフォマティクス分野の手法・技術について英語文献等を用いて学習し、アルゴリズムについて理解すること。(DP1)
○バイオインフォマティクス分野の手法を用いた問題解決を具体例を通して学び、実際に自分でプログラムを読解・作成し(DP2・DP3)、それを解説できるレベルまで理解すること。(DP2)
授業の概要
/Summary of the class
21世紀に入りヒトゲノム解読の終了が宣言されたことに象徴されるように、これまでに膨大な量の生命情報を利用することが可能となってきました。ゲノム配列解析が新規な機能を持つ遺伝子やバイオマーカーの発見などにつながる可能性があることから、生体配列データは今後より普遍的な情報資源となることが期待されます。本特論では、ゲノム配列などの大規模配列データを解析する際に必須となるバイオインフォマティクス技術について講義を行います。代表的な生命情報データベースや配列解析ツールについての知見を得ることも目的の一つとします。
授業の内容予定
/Contents plan of the class
授業計画
第1回:ガイダンス・バイオインフォマティクスとは
第2回:生命情報(遺伝情報)の基礎知識
第3回:生体配列
第4回:配列アライメント
第5回:ホモロジー検索
第6回:マルチプル配列アライメント
第7回:系統樹の構築
第8回:微生物ゲノムからの遺伝子予測
第9回:真核生物ゲノムからの遺伝子予測
第10回:ゲノムの分類
第11回:比較ゲノム
第12回:RNA配列二次構造
第13回:生命情報データベース
第14回:配列解析ツール
第15回:深層学習の応用
成績評価方法及び採点基準
/A scholastic evaluation method and marking standard
講義中に課される課題(80%)と授業への参加度(20%)により評価されます。
予習及び復習等の内容
/Contents such as preparations for lessons and the review
英語文献の予習は必須です。毎回授業内容のまとめを各自で作成し復習すること。
教材・教科書
/The teaching materials, textbook
英語文献を講義で指示します。
参考文献
/bibliography
特になし
留意点・予備知識
/Point to keep in mind, back ground
関連科目:(学部)プログラミング基礎(大学院)アルゴリズム特論
授業内容に関する質問・疑義等
/Question, doubt about class contents
オフィスアワー:月曜16:00から17:00、理工学部1号館423室
Eメールアドレス・HPアドレス
/E-mail address, HP address
taneda at eit.hirosaki-u.ac.jp
学問分野1(主学問分野)
/Discipline 1
J62:応用情報学およびその関連分野
学問分野2(副学問分野)
/Discipline 2
J60:情報科学、情報工学およびその関連分野
学問分野3(副学問分野)
/Discipline 3
E37:生体分子化学およびその関連分野
地域志向科目
/Local intention subject
なし
授業形態・授業方法
/Class form, class method
セミナー形式
科目ナンバー
/The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について
/Whether or not copyrighted works are used in media classes
無/Nothing
その他
/Others
特になし
No. 回(日時)
/Time (date and time)
主題と位置付け(担当)
/Subjects and instructor's position
学習方法と内容
/Methods and contents
備考
/Notes
該当するデータはありません

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