シラバス参照

基本情報／Basic Information
詳細情報／Detailed Information
授業計画詳細情報／Class Schedule Details

基本情報/Basic Information

開講科目名／Course	バイオインフォマティクス特論／Bioinformatics
時間割コード／Course Code	S222000030
ナンバリングコード／Numbering Code
開講所属／Course Offered by	理工学研究科／
曜日コマ／Day, Period	木　3
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
学年／Year	1,2
主担当教員／Main Instructor	種田晃人／TANEDA AKITO
科目区分／Course Group	大学院（博士前期課程）　専門科目
教室／Classroom
必修・選択／Required/Elective	選択
授業形式／Class Format	講義科目
メディア授業／Media lecture	－

担当教員情報/Instructor Information

教員名／Instructor	教員所属名／Faculty/Department
種田晃人／TANEDA AKITO	理工学研究科／

難易度（レベル）／Level	レベル5
対応するＤＰ／DP	DP1･DP2･DP3
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○バイオインフォマティクス分野の手法・技術について英語文献等を用いて学習し、アルゴリズムについて理解すること。（DP1） ○バイオインフォマティクス分野の手法を用いた問題解決を具体例を通して学び、実際に自分でプログラムを読解・作成し（DP2・DP3）、それを解説できるレベルまで理解すること。（DP2）
授業の概要／Summary of the class	２１世紀に入りヒトゲノム解読の終了が宣言されたことに象徴されるように、これまでに膨大な量の生命情報を利用することが可能となってきました。ゲノム配列解析が新規な機能を持つ遺伝子やバイオマーカーの発見などにつながる可能性があることから、生体配列データは今後より普遍的な情報資源となることが期待されます。本特論では、ゲノム配列などの大規模配列データを解析する際に必須となるバイオインフォマティクス技術について講義を行います。代表的な生命情報データベースや配列解析ツールについての知見を得ることも目的の一つとします。
授業の内容予定／Contents plan of the class	授業計画第１回：ガイダンス・バイオインフォマティクスとは第２回：生命情報（遺伝情報）の基礎知識第３回：生体配列第４回：配列アライメント第５回：ホモロジー検索第６回：マルチプル配列アライメント第７回：系統樹の構築第８回：微生物ゲノムからの遺伝子予測第９回：真核生物ゲノムからの遺伝子予測第１０回：ゲノムの分類第１１回：比較ゲノム第１２回：ＲＮＡ配列二次構造第１３回：生命情報データベース第１４回：配列解析ツール第１５回：深層学習の応用
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	講義中に課される課題（80%）と授業への参加度（20%）により評価されます。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	英語文献の予習は必須です。毎回授業内容のまとめを各自で作成し復習すること。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	英語文献を講義で指示します。
参考文献／bibliography	特になし
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	関連科目：（学部）プログラミング基礎（大学院）アルゴリズム特論
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	オフィスアワー：月曜16:00から17:00、理工学部1号館423室
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	taneda at eit.hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	J62:応用情報学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	J60:情報科学、情報工学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	E37:生体分子化学およびその関連分野
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	セミナー形式
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	特になし

No.	回（日時）／Time (date and time)	主題と位置付け（担当）／Subjects and instructor's position	学習方法と内容／Methods and contents	備考／Notes
該当するデータはありません

開講科目名／Course	バイオインフォマティクス特論／Bioinformatics
時間割コード／Course Code	S222000030
ナンバリングコード／Numbering Code
開講所属／Course Offered by	理工学研究科／
曜日コマ／Day, Period	木　3
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
学年／Year	1,2
主担当教員／Main Instructor	種田晃人／TANEDA AKITO
科目区分／Course Group	大学院（博士前期課程）　専門科目
教室／Classroom
必修・選択／Required/Elective	選択
授業形式／Class Format	講義科目
メディア授業／Media lecture	－

難易度（レベル）／Level	レベル5
対応するＤＰ／DP	DP1･DP2･DP3
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○バイオインフォマティクス分野の手法・技術について英語文献等を用いて学習し、アルゴリズムについて理解すること。（DP1） ○バイオインフォマティクス分野の手法を用いた問題解決を具体例を通して学び、実際に自分でプログラムを読解・作成し（DP2・DP3）、それを解説できるレベルまで理解すること。（DP2）
授業の概要／Summary of the class	２１世紀に入りヒトゲノム解読の終了が宣言されたことに象徴されるように、これまでに膨大な量の生命情報を利用することが可能となってきました。ゲノム配列解析が新規な機能を持つ遺伝子やバイオマーカーの発見などにつながる可能性があることから、生体配列データは今後より普遍的な情報資源となることが期待されます。本特論では、ゲノム配列などの大規模配列データを解析する際に必須となるバイオインフォマティクス技術について講義を行います。代表的な生命情報データベースや配列解析ツールについての知見を得ることも目的の一つとします。
授業の内容予定／Contents plan of the class	授業計画第１回：ガイダンス・バイオインフォマティクスとは第２回：生命情報（遺伝情報）の基礎知識第３回：生体配列第４回：配列アライメント第５回：ホモロジー検索第６回：マルチプル配列アライメント第７回：系統樹の構築第８回：微生物ゲノムからの遺伝子予測第９回：真核生物ゲノムからの遺伝子予測第１０回：ゲノムの分類第１１回：比較ゲノム第１２回：ＲＮＡ配列二次構造第１３回：生命情報データベース第１４回：配列解析ツール第１５回：深層学習の応用
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	講義中に課される課題（80%）と授業への参加度（20%）により評価されます。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	英語文献の予習は必須です。毎回授業内容のまとめを各自で作成し復習すること。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	英語文献を講義で指示します。
参考文献／bibliography	特になし
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	関連科目：（学部）プログラミング基礎（大学院）アルゴリズム特論
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	オフィスアワー：月曜16:00から17:00、理工学部1号館423室
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	taneda at eit.hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	J62:応用情報学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	J60:情報科学、情報工学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	E37:生体分子化学およびその関連分野
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	セミナー形式
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	特になし

授業情報／Class Information

基本情報/Basic Information

担当教員情報/Instructor Information