シラバス参照

基本情報／Basic Information
詳細情報／Detailed Information
授業計画詳細情報／Class Schedule Details

基本情報/Basic Information

開講科目名／Course	環境微生物学
時間割コード／Course Code	A239000027
ナンバリングコード／Numbering Code
開講所属／Course Offered by	農学生命科学研究科／
曜日コマ／Day, Period	木　5
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
学年／Year	1,2
主担当教員／Main Instructor	殿内暁夫／TONOUCHI AKIO
科目区分／Course Group	大学院（修士課程）
教室／Classroom
必修・選択／Required/Elective
授業形式／Class Format
メディア授業／Media lecture	－

担当教員情報/Instructor Information

教員名／Instructor	教員所属名／Faculty/Department
殿内暁夫／TONOUCHI AKIO	農学生命科学部／

難易度（レベル）／Level	レベル5
対応するＤＰ／DP	DP1, 3
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	◯環境微生物学を学ぶ上で重要となる微生物の機能的・系統的多様性について理解する（見通す力・解決していく力）。
授業の概要／Summary of the class	微生物は地球上の様々な生物圏に生息している。環境にどのような微生物が生息し、どのような機能を果たしているかを知るためには、機能解析・系統解析について学ぶ必要がある。環境微生物の解析法を中心に講義する。
授業の内容予定／Contents plan of the class	第 1 回：ガイダンス・Rと基本パッケージのインストール・微生物の多様性の概要第 2 回：培養に依存した微生物解析第 3 回：非培養法による微生物解析第 4 回：微生物機能解析第 5 回：分子系統解析I , 分子系統解析の基本第 6 回：分子系統解析I I, 分子系統解析の実際第 7 回：多様性評価I , 多様性評価の基本第 8 回：多様性評価I I, 多様性評価の実際第 9 回：自然界に生息する微生物の概要第 10回：微生物の生息場所について第 11 回：森林に生息する微生物I , 森林の物質代謝に関わる微生物第 12回：森林に生息する微生物 II , 森林の生物に寄生・共生する微生物第 13回：海洋に生息する微生物I, 沿海・大洋に生息する微生物第14回：海洋に生息する微生物 II , 熱水噴出孔周辺に生息する微生物第 15回：農耕地（畑）に生息する微生物第
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	授業に対する取組（10%）、講義ごとに行う小レポート(40%)、期末のレポート（50%)で評価する。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	事前学習としては、微生物およびバイオインフォマティクスに関する基礎知識があれば理解の助けになる。各講義の内容を講義終了後に小レポートを課すのでそれが復習になる。講義毎に次回の講義において予習しておくべきことを伝える。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	なし
参考文献／bibliography	フリーソフトRに関する各種入門書
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	授業中に適時指示する。
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	月曜～金曜日 8:30～17:00 在室時は基本的に対応します。
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	symbio[at mark]hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	F38:農芸化学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	F40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	該当なし
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	PCによる解析実習
科目ナンバー／The subject number	0
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	主にPCを用いた講義になるのでWiFi接続が可能なノートパソコンを毎回用意すること。UNIXやRに関する基本知識があることが望ましい。PCはWindowsでもMacでも良いが、Macの方が使いやすい。

No.	回（日時）／Time (date and time)	主題と位置付け（担当）／Subjects and instructor's position	学習方法と内容／Methods and contents	備考／Notes
該当するデータはありません

開講科目名／Course	環境微生物学
時間割コード／Course Code	A239000027
ナンバリングコード／Numbering Code
開講所属／Course Offered by	農学生命科学研究科／
曜日コマ／Day, Period	木　5
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
学年／Year	1,2
主担当教員／Main Instructor	殿内暁夫／TONOUCHI AKIO
科目区分／Course Group	大学院（修士課程）
教室／Classroom
必修・選択／Required/Elective
授業形式／Class Format
メディア授業／Media lecture	－

難易度（レベル）／Level	レベル5
対応するＤＰ／DP	DP1, 3
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	◯環境微生物学を学ぶ上で重要となる微生物の機能的・系統的多様性について理解する（見通す力・解決していく力）。
授業の概要／Summary of the class	微生物は地球上の様々な生物圏に生息している。環境にどのような微生物が生息し、どのような機能を果たしているかを知るためには、機能解析・系統解析について学ぶ必要がある。環境微生物の解析法を中心に講義する。
授業の内容予定／Contents plan of the class	第 1 回：ガイダンス・Rと基本パッケージのインストール・微生物の多様性の概要第 2 回：培養に依存した微生物解析第 3 回：非培養法による微生物解析第 4 回：微生物機能解析第 5 回：分子系統解析I , 分子系統解析の基本第 6 回：分子系統解析I I, 分子系統解析の実際第 7 回：多様性評価I , 多様性評価の基本第 8 回：多様性評価I I, 多様性評価の実際第 9 回：自然界に生息する微生物の概要第 10回：微生物の生息場所について第 11 回：森林に生息する微生物I , 森林の物質代謝に関わる微生物第 12回：森林に生息する微生物 II , 森林の生物に寄生・共生する微生物第 13回：海洋に生息する微生物I, 沿海・大洋に生息する微生物第14回：海洋に生息する微生物 II , 熱水噴出孔周辺に生息する微生物第 15回：農耕地（畑）に生息する微生物第
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	授業に対する取組（10%）、講義ごとに行う小レポート(40%)、期末のレポート（50%)で評価する。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	事前学習としては、微生物およびバイオインフォマティクスに関する基礎知識があれば理解の助けになる。各講義の内容を講義終了後に小レポートを課すのでそれが復習になる。講義毎に次回の講義において予習しておくべきことを伝える。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	なし
参考文献／bibliography	フリーソフトRに関する各種入門書
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	授業中に適時指示する。
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	月曜～金曜日 8:30～17:00 在室時は基本的に対応します。
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	symbio[at mark]hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	F38:農芸化学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	F40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	該当なし
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	PCによる解析実習
科目ナンバー／The subject number	0
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	主にPCを用いた講義になるのでWiFi接続が可能なノートパソコンを毎回用意すること。UNIXやRに関する基本知識があることが望ましい。PCはWindowsでもMacでも良いが、Macの方が使いやすい。

授業情報／Class Information

基本情報/Basic Information

担当教員情報/Instructor Information