科目一覧へ戻る | 2024/03/29 現在 |
開講科目名 /Course |
生体生命情報学/Bioinformatics |
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時間割コード /Course Code |
7242000127 |
ナンバリングコード /Numbering Code |
|
開講所属 /Course Offered by |
理工学部/ |
曜日コマ /Day, Period |
金/Fri 5 |
開講区分 /Semester offered |
後期/second semester |
単位数 /Credits |
2.0 |
学年 /Year |
3,4 |
主担当教員 /Main Instructor |
種田 晃人/TANEDA AKITO |
科目区分 /Course Group |
専門教育科目 専門応用科目 |
教室 /Classroom |
|
必修・選択 /Required/Elective |
選択必修 |
授業形式 /Class Format |
講義科目 |
メディア授業 /Media lecture |
- |
教員名 /Instructor |
教員所属名 /Faculty/Department |
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種田 晃人/TANEDA AKITO | 理工学研究科/ |
難易度(レベル) /Level |
レベル3 |
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対応するCP/DP /CP/DP |
CP・DP 1 見通す力 CP・DP 2 解決していく力 |
授業としての具体的到達目標 /Concrete arrival target as the class |
生命情報をコンピュータ解析する際に利用されているアルゴリズムやデータの基礎について理解すること。(見通す力) また、それらのアルゴリズムやデータの利用法を理解すること。(解決していく力) |
授業の概要 /Summary of the class |
データ読み取り技術の向上、データベースに登録されているゲノム情報などの急激な増加に伴い生命情報の重要性が高まっています。本講義では、生命情報データを解析するための基礎的知識である生体分子の構造・機能や遺伝子について解説し、それらを入力データとするアルゴリズムについて講義を行います。 |
授業の内容予定 /Contents plan of the class |
以下の内容を15回で行います。 第1回 ガイダンス 第2回 生体分子(DNA)の基礎 第3回 細胞分裂 第4回 転写 第5回 翻訳・これまでの小テスト 第6回 生体配列解析アルゴリズム(動的計画法) 第7回 生体配列解析アルゴリズム(様々なペアワイズ配列アライメント法) 第8回 生体配列解析アルゴリズム(多重配列アライメント) 第9回 生体配列解析アルゴリズム(ヒューリスティクス) 第10回 動的計画法の演習 第11回 生体配列解析に利用される機械学習(ニューラルネット) 第12回 生体配列解析に利用される機械学習(誤差逆伝播法) 第13回 発現データ解析とクラスタリング(階層的手法) 第14回 発現データ解析とクラスタリング(非階層的手法) 第15回 発現データ解析と主成分分析・小テスト 中間・期末に小テストを行う予定です。 |
成績評価方法及び採点基準 /A scholastic evaluation method and marking standard |
講義中に課されるプログラミング等の課題(80%)、授業への参加度(20%)により評価されます。 |
予習及び復習等の内容 /Contents such as preparations for lessons and the review |
授業中に説明した分子生物学やアルゴリズムについて十分に復習すること。授業の内容予定に含まれている分子生物学や機械学習の話題について各自文献調査等をして予習しておくことが望ましい。 |
教材・教科書 /The teaching materials, textbook |
ガイダンスでアナウンスします。 |
参考文献 /bibliography |
講義中に指示します。 |
留意点・予備知識 /Point to keep in mind, back ground |
3年前期までのプログラミング・アルゴリズム関連の授業・演習・実験の内容を予備知識として持っていることを前提として授業を行います。 |
授業内容に関する質問・疑義等 /Question, doubt about class contents |
月曜16:00~17:00 |
Eメールアドレス・HPアドレス /E-mail address, HP address |
taneda@eit.hirosaki-u.ac.jp |
学問分野1(主学問分野) /Discipline 1 |
J60:情報科学、情報工学およびその関連分野 |
学問分野2(副学問分野) /Discipline 2 |
E37:生体分子化学およびその関連分野 |
学問分野3(副学問分野) /Discipline 3 |
該当なし |
実務経験のある教員による授業科目について /About the class subject by the teacher with the work experience |
なし |
地域志向科目 /Local intention subject |
なし |
授業形態・授業方法 /Class form, class method |
講義形式 |
科目ナンバー /The subject number |
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メディア授業による著作物利用の有無について /Whether or not copyrighted works are used in media classes |
無/Nothing |
その他 /Others |
特になし |
No. | 回(日時) /Time (date and time) |
主題と位置付け(担当) /Subjects and instructor's position |
学習方法と内容 /Methods and contents |
備考 /Notes |
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該当するデータはありません |