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基本情報／Basic Information
詳細情報／Detailed Information
授業計画詳細情報／Class Schedule Details

基本情報/Basic Information

開講科目名／Course	分子進化学／Molecular Evolution
時間割コード／Course Code	8242000029
ターム・学期／Term・Semester	2024年度／Academic Year　　後期
曜日コマ／Day, Period	金／Fri　2
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
主担当教員／Main Instructor	西野敦雄／NISHINO ATSUO
授業形式／Class Format	講義科目

担当教員情報/Instructor Information

教員名／Instructor	教員所属名／Faculty/Department
西野敦雄／NISHINO ATSUO	農学生命科学部／

難易度（レベル）／Level	レベル3～4
対応するＣＰ／ＤＰ／CP/DP	CP・DP　１　見通す力　　CP・DP　２　解決していく力　CP・DP　３　学び続ける力
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○遺伝子もまた、進化すること、類縁性に基づいて分類できることを学ぶ。（見通す力） ○実際に分子系統樹を描いてみる。またそれをよりよく改良していくための考え方を身に付ける。（解決していく力） ○この科目以外の専門科目の学修、研究室における研究活動、さらには生活の中でも生かせる知識とする。（学び続ける力）
授業の概要／Summary of the class	遺伝情報の機能単位である遺伝子も、重複や、その遺伝子をもつ生物の生殖により数が増え、そして突然変異によって多様性が生まれます。遺伝子はまた、生物個体の維持や生殖に関わる以上、他の遺伝子との関係性の総体の中で、選択もされます。つまり、遺伝子もまた、「似て非なるものがたくさん生まれ、選択され、残れば後に引き継がれる」ものなので、進化するのです。このような考え方を本講義では理解していきます。また実際に、「分子系統樹」を描いてみることをして、どのように遺伝子の“親戚関係”を捉えられるかを経験的に学びます。
授業の内容予定／Contents plan of the class	前半の３分の１では、分子進化学の基本的な考え方を理解するための講義を行います。後半の３分の２は、フリーソフトウェア「MEGA」を使って、実際に遺伝子情報の比較を行い、分子系統樹の作成をしていきます。 10/4（金）第１回ガイダンス 10/11（金）第２回中立進化と分子時計 10/17（金）第３回遺伝子重複 11/1（金）第４回オーソログとパラログ 11/8（金）第５回分子系統樹と生物の系統樹 11/15（金）第６回中間試験　およびMEGAのインストール 11/22（金）第７回分子系統樹を描いてみる ―１ MEGA 11/29（金）第８回分子系統樹を描いてみる ―２配列情報データベース、ドメインサーチ 12/6（金）第９回分子系統樹を描いてみる ―３ゲノムブラウザ 12/13（金）第10回分子系統樹を描いてみる ―４ BLAST 12/20（金）第11回分子系統樹を描いてみる ―５アラインメント 1/10（金）第12回分子系統樹を描いてみる ―６近隣結合法とその他の系統樹描画法 1/15（金）第13回分子系統樹を改良していく ―１どこに根を置くか、ブートストラップ検定 1/24（金）第14回分子系統樹を改良していく ―２オーソログとパラログ 1/31（金）第15回（最終回）分子系統樹を改良していく ―３総括 2/6（金）予備日（急な出張などで休講があった場合に開講する可能性があります。）
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	出席を取ります（３分の２以上の出席が必要）。中間試験（33%）と各自が作成した分子系統樹に関するレポート（67％）により評価します（合計100%）。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	○中間試験が行われるまでの前半３分の１は、キャンベル生物学（13章～26章）の範囲を参照しながら講義を行います。授業のはじめに、概念的な理解を進めるためのワークシートが提示されるので、それにまず取り組みます。質疑応答の時間を取った後、より深く理解するための講義が行われます。中間試験に臨む前には、それらの内容の復習が必要です。 ○後半３分の２は、フリーソフトウェア「MEGA」を使って実際に遺伝子情報の比較を行っていきます。授業では、皆さんの手持ちのPCを利用して自分で解析を行っていきます。授業の中で実際に行うことについてのガイドをしていきますが、受講生の数によって全員が同じ進捗にはならないと想定しています。各自の作業に遅れに応じて復習が必要です。後半の最後には、レポートをまとめるための復習がかなり必要です。予習・復習 60時間。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	キャンベル生物学原書11版翻訳版池内昌彦、伊藤元己、箸本春樹、道上達男監訳
参考文献／bibliography	○現代進化学入門 C.パターソン、岩波書店 ○進化 N.H.バートンら、メディカル・サイエンス・インターナショナル ○生物進化を考える木村資生、岩波新書
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	○「キャンベル生物学」の13～26章を基礎として議論を進めていきます。前半の授業の中でその範囲の知識を定着させ、後半のパートで実際に作業に取り組むことで、さらに具体的に理解できるようにします。 ○後半はPCを活用してMEGAというフリーソフトウェアを使って解析を進めていきます。経験上、MEGAはWindows PCでは安定して動作しますが、Macintosh PCやそれ以外のPCを用いると機種やOSに応じて様々なトラブルが生じることが分かっています。Macやその他のPCを使って本講義の実習を進めるのは不可能ではありませんが、とても大変になる可能性を覚悟してください。 ○後半の実習時には、教員とやり取りをしながら解析を進める必要があります。教員とやり取りをするのを億劫に思ったり面倒に思ったりする人は受講をお控えください。 ○インターネット上で実際に遺伝子配列情報を収集していきますが、その際には、全世界に対して英語で公開されているウェブページを利用します。英語のウェブページにひるまない気持ちが受講者には必要とされます。 ○講義時間外の作業が多くなる可能性があります。かなり頭を使いますし、根気がいるので、そのつもりで受講してください。 ○本講義では広く分子系統解析の考え方の基本が紹介され、また実際的に配列情報を扱いながら作業に慣れていくこともできると思います。しかしながら、特定の研究の特異的な問題を解くためにこの授業が役に立つとは限りませんのでその点はよく考えて履修してください。自分の研究テーマの特定の問題にどうアプローチするか疑問に思っただけならば、この授業を受けるより単に質問に来てください。答えられる範囲でお答えします。
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	講義中の質問を歓迎します。それ以外の時の質問は、必要時にメールで連絡してください。直接が良ければ11：50～12：00。
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	anishino[at]hirosaki-u.ac.jp （[at] は @ です。）
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	G43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	G45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	G44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
実務経験のある教員による授業科目について／About the class subject by the teacher with the work experience	なし
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	前半３分の１は講義です。講義中にキャンベル生物学の説明や図を使ったりしますので、手元に置いて受講してください。後半３分の２はPCを用いて実習形式で進めていきます。各自ノートPCを持参して講義に参加してください。参考資料の提示は教員から適宜行います。メディア授業になる場合には、Teamsによる双方向授業またはオンデマンド授業になります。
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	特になし

No.	回（日時）／Time (date and time)	主題と位置付け（担当）／Subjects and instructor's position	学習方法と内容／Methods and contents	備考／Notes
該当するデータはありません

難易度（レベル）／Level	レベル3～4
対応するＣＰ／ＤＰ／CP/DP	CP・DP　１　見通す力　　CP・DP　２　解決していく力　CP・DP　３　学び続ける力
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○遺伝子もまた、進化すること、類縁性に基づいて分類できることを学ぶ。（見通す力） ○実際に分子系統樹を描いてみる。またそれをよりよく改良していくための考え方を身に付ける。（解決していく力） ○この科目以外の専門科目の学修、研究室における研究活動、さらには生活の中でも生かせる知識とする。（学び続ける力）
授業の概要／Summary of the class	遺伝情報の機能単位である遺伝子も、重複や、その遺伝子をもつ生物の生殖により数が増え、そして突然変異によって多様性が生まれます。遺伝子はまた、生物個体の維持や生殖に関わる以上、他の遺伝子との関係性の総体の中で、選択もされます。つまり、遺伝子もまた、「似て非なるものがたくさん生まれ、選択され、残れば後に引き継がれる」ものなので、進化するのです。このような考え方を本講義では理解していきます。また実際に、「分子系統樹」を描いてみることをして、どのように遺伝子の“親戚関係”を捉えられるかを経験的に学びます。
授業の内容予定／Contents plan of the class	前半の３分の１では、分子進化学の基本的な考え方を理解するための講義を行います。後半の３分の２は、フリーソフトウェア「MEGA」を使って、実際に遺伝子情報の比較を行い、分子系統樹の作成をしていきます。 10/4（金）第１回ガイダンス 10/11（金）第２回中立進化と分子時計 10/17（金）第３回遺伝子重複 11/1（金）第４回オーソログとパラログ 11/8（金）第５回分子系統樹と生物の系統樹 11/15（金）第６回中間試験　およびMEGAのインストール 11/22（金）第７回分子系統樹を描いてみる ―１ MEGA 11/29（金）第８回分子系統樹を描いてみる ―２配列情報データベース、ドメインサーチ 12/6（金）第９回分子系統樹を描いてみる ―３ゲノムブラウザ 12/13（金）第10回分子系統樹を描いてみる ―４ BLAST 12/20（金）第11回分子系統樹を描いてみる ―５アラインメント 1/10（金）第12回分子系統樹を描いてみる ―６近隣結合法とその他の系統樹描画法 1/15（金）第13回分子系統樹を改良していく ―１どこに根を置くか、ブートストラップ検定 1/24（金）第14回分子系統樹を改良していく ―２オーソログとパラログ 1/31（金）第15回（最終回）分子系統樹を改良していく ―３総括 2/6（金）予備日（急な出張などで休講があった場合に開講する可能性があります。）
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	出席を取ります（３分の２以上の出席が必要）。中間試験（33%）と各自が作成した分子系統樹に関するレポート（67％）により評価します（合計100%）。
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	○中間試験が行われるまでの前半３分の１は、キャンベル生物学（13章～26章）の範囲を参照しながら講義を行います。授業のはじめに、概念的な理解を進めるためのワークシートが提示されるので、それにまず取り組みます。質疑応答の時間を取った後、より深く理解するための講義が行われます。中間試験に臨む前には、それらの内容の復習が必要です。 ○後半３分の２は、フリーソフトウェア「MEGA」を使って実際に遺伝子情報の比較を行っていきます。授業では、皆さんの手持ちのPCを利用して自分で解析を行っていきます。授業の中で実際に行うことについてのガイドをしていきますが、受講生の数によって全員が同じ進捗にはならないと想定しています。各自の作業に遅れに応じて復習が必要です。後半の最後には、レポートをまとめるための復習がかなり必要です。予習・復習 60時間。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	キャンベル生物学原書11版翻訳版池内昌彦、伊藤元己、箸本春樹、道上達男監訳
参考文献／bibliography	○現代進化学入門 C.パターソン、岩波書店 ○進化 N.H.バートンら、メディカル・サイエンス・インターナショナル ○生物進化を考える木村資生、岩波新書
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	○「キャンベル生物学」の13～26章を基礎として議論を進めていきます。前半の授業の中でその範囲の知識を定着させ、後半のパートで実際に作業に取り組むことで、さらに具体的に理解できるようにします。 ○後半はPCを活用してMEGAというフリーソフトウェアを使って解析を進めていきます。経験上、MEGAはWindows PCでは安定して動作しますが、Macintosh PCやそれ以外のPCを用いると機種やOSに応じて様々なトラブルが生じることが分かっています。Macやその他のPCを使って本講義の実習を進めるのは不可能ではありませんが、とても大変になる可能性を覚悟してください。 ○後半の実習時には、教員とやり取りをしながら解析を進める必要があります。教員とやり取りをするのを億劫に思ったり面倒に思ったりする人は受講をお控えください。 ○インターネット上で実際に遺伝子配列情報を収集していきますが、その際には、全世界に対して英語で公開されているウェブページを利用します。英語のウェブページにひるまない気持ちが受講者には必要とされます。 ○講義時間外の作業が多くなる可能性があります。かなり頭を使いますし、根気がいるので、そのつもりで受講してください。 ○本講義では広く分子系統解析の考え方の基本が紹介され、また実際的に配列情報を扱いながら作業に慣れていくこともできると思います。しかしながら、特定の研究の特異的な問題を解くためにこの授業が役に立つとは限りませんのでその点はよく考えて履修してください。自分の研究テーマの特定の問題にどうアプローチするか疑問に思っただけならば、この授業を受けるより単に質問に来てください。答えられる範囲でお答えします。
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	講義中の質問を歓迎します。それ以外の時の質問は、必要時にメールで連絡してください。直接が良ければ11：50～12：00。
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	anishino[at]hirosaki-u.ac.jp （[at] は @ です。）
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	G43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	G45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	G44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
実務経験のある教員による授業科目について／About the class subject by the teacher with the work experience	なし
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	前半３分の１は講義です。講義中にキャンベル生物学の説明や図を使ったりしますので、手元に置いて受講してください。後半３分の２はPCを用いて実習形式で進めていきます。各自ノートPCを持参して講義に参加してください。参考資料の提示は教員から適宜行います。メディア授業になる場合には、Teamsによる双方向授業またはオンデマンド授業になります。
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	特になし

授業情報／Class Information

基本情報/Basic Information

担当教員情報/Instructor Information