シラバス参照

基本情報／Basic Information
詳細情報／Detailed Information
授業計画詳細情報／Class Schedule Details

基本情報/Basic Information

開講科目名／Course	コンピュータ分子設計学／Molecular Modelling
時間割コード／Course Code	8242000071
ターム・学期／Term・Semester	2024年度／Academic Year　　後期
曜日コマ／Day, Period	金／Fri　3
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
主担当教員／Main Instructor	橋本勝／HASHIMOTO MASARU
授業形式／Class Format

担当教員情報/Instructor Information

教員名／Instructor	教員所属名／Faculty/Department
橋本勝／HASHIMOTO MASARU	農学生命科学部／

難易度（レベル）／Level	レベル3
対応するＣＰ／ＤＰ／CP/DP	CP・DP　１　見通す力　　 CP・DP　２　解決していく力
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○ 生理活性物質が生命現象をコントロールする機構を、官能基、およびその立体化学のレベルで理解する（見通す力） ○ 分子モデリングの基礎を理解する（解決する力）。
授業の概要／Summary of the class	毒や薬の多くは生体維持に重要な物質変換を阻害あるいは刺激することによって発現します。前半では分子モデリングの理論、後半では実際にモデリングソフトを使用して分子を考察します。タンパク質PDB形式ファイルの取り扱いを解説します。
授業の内容予定／Contents plan of the class	10月2日：１．この講義の進めかた。留意点 10月7日：２．なぜ分子モデリングを用いるのか 10月15日：３．化学熱力学の復習（１）熱化学反応の復習 10月28日：４．化学熱力学の復習（２）標準生成エンタルピーなどについての復習 11月11日：５．化学熱力学の復習（３）立体配座の熱力学について復習 11月18日：６．立体配座と計算機化学 11月25日：７．計算機科学の歴史と現状 12月2日：８．計算機化学で判ること：最安定配座の検索 12月9日：９．様々な計算手法（分子力学、半経験分子軌道方、ab initio分子軌道方） 12月18日：10．Spartanソフトウェアの使い方 12月25日：11．最安定配座を求める。 1月6日：12．電荷分布を求める。 1月14日：13．反応の様子をモデリングで解析する。 1月20日：14．タンパク質データバンクと視覚化ソフトウェアの使用方法 1月27日：15．生理活性生体分子を可視化して解析する。
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	平常評価（講義内容に関する毎回のミニレポート）：80％期末評価（期末レポート）：20％
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	シラバスの計画に基づき、十分に予習をして講義に臨んでください。講義ごとに課題を出します。課題に取り組み復習を行ってください。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	教科書は使用しません。
参考文献／bibliography	ヒーリー「SpartanModelによる有機化学演習」 ISBN978-4-902760-03-3 分子モデリング演習初歩の初歩 ISBN4-902760-02-9 WEBページを開設しました。（http://molecules.a.la9.jp/modeling/index.html）講義内容とは一致しているわけではありません。
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	常識的なパソコン知識は必要です
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	月曜日12：00-14：00
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	e-mail: hmasaru[at]hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	E33:有機化学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	F38:農芸化学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	G43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
実務経験のある教員による授業科目について／About the class subject by the teacher with the work experience	実務経験
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	前半は講義形式、後半は演習形式で行います
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	実務（財団法人の研究者）経験のある教員が担当する。

No.	回（日時）／Time (date and time)	主題と位置付け（担当）／Subjects and instructor's position	学習方法と内容／Methods and contents	備考／Notes
該当するデータはありません

開講科目名／Course	コンピュータ分子設計学／Molecular Modelling
時間割コード／Course Code	8242000071
ターム・学期／Term・Semester	2024年度／Academic Year　　後期
曜日コマ／Day, Period	金／Fri　3
開講区分／Semester offered	後期／second semester
単位数／Credits	2.0
主担当教員／Main Instructor	橋本勝／HASHIMOTO MASARU
授業形式／Class Format

難易度（レベル）／Level	レベル3
対応するＣＰ／ＤＰ／CP/DP	CP・DP　１　見通す力　　 CP・DP　２　解決していく力
授業としての具体的到達目標／Concrete arrival target as the class	○ 生理活性物質が生命現象をコントロールする機構を、官能基、およびその立体化学のレベルで理解する（見通す力） ○ 分子モデリングの基礎を理解する（解決する力）。
授業の概要／Summary of the class	毒や薬の多くは生体維持に重要な物質変換を阻害あるいは刺激することによって発現します。前半では分子モデリングの理論、後半では実際にモデリングソフトを使用して分子を考察します。タンパク質PDB形式ファイルの取り扱いを解説します。
授業の内容予定／Contents plan of the class	10月2日：１．この講義の進めかた。留意点 10月7日：２．なぜ分子モデリングを用いるのか 10月15日：３．化学熱力学の復習（１）熱化学反応の復習 10月28日：４．化学熱力学の復習（２）標準生成エンタルピーなどについての復習 11月11日：５．化学熱力学の復習（３）立体配座の熱力学について復習 11月18日：６．立体配座と計算機化学 11月25日：７．計算機科学の歴史と現状 12月2日：８．計算機化学で判ること：最安定配座の検索 12月9日：９．様々な計算手法（分子力学、半経験分子軌道方、ab initio分子軌道方） 12月18日：10．Spartanソフトウェアの使い方 12月25日：11．最安定配座を求める。 1月6日：12．電荷分布を求める。 1月14日：13．反応の様子をモデリングで解析する。 1月20日：14．タンパク質データバンクと視覚化ソフトウェアの使用方法 1月27日：15．生理活性生体分子を可視化して解析する。
成績評価方法及び採点基準／A scholastic evaluation method and marking standard	平常評価（講義内容に関する毎回のミニレポート）：80％期末評価（期末レポート）：20％
予習及び復習等の内容／Contents such as preparations for lessons and the review	シラバスの計画に基づき、十分に予習をして講義に臨んでください。講義ごとに課題を出します。課題に取り組み復習を行ってください。
教材・教科書／The teaching materials, textbook	教科書は使用しません。
参考文献／bibliography	ヒーリー「SpartanModelによる有機化学演習」 ISBN978-4-902760-03-3 分子モデリング演習初歩の初歩 ISBN4-902760-02-9 WEBページを開設しました。（http://molecules.a.la9.jp/modeling/index.html）講義内容とは一致しているわけではありません。
留意点・予備知識／Point to keep in mind, back ground	常識的なパソコン知識は必要です
授業内容に関する質問・疑義等／Question, doubt about class contents	月曜日12：00-14：00
Eメールアドレス・HPアドレス／E-mail address, HP address	e-mail: hmasaru[at]hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野）／Discipline 1	E33:有機化学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野）／Discipline 2	F38:農芸化学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野）／Discipline 3	G43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
実務経験のある教員による授業科目について／About the class subject by the teacher with the work experience	実務経験
地域志向科目／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法／Class form, class method	前半は講義形式、後半は演習形式で行います
科目ナンバー／The subject number
メディア授業による著作物利用の有無について／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他／Others	実務（財団法人の研究者）経験のある教員が担当する。

授業情報／Class Information

基本情報/Basic Information

担当教員情報/Instructor Information