基本情報/Basic Information

開講科目名 ／Course	計算生命物質科学／Computational biomolecular science
時間割コード ／Course Code	S242001013
ナンバリングコード ／Numbering Code
開講所属 ／Course Offered by	理工学研究科／
曜日コマ ／Day, Period	木／Thu　2
開講区分 ／Semester offered	後期／second semester
単位数 ／Credits	2.0
学年 ／Year	1,2,3
主担当教員 ／Main Instructor	種田 晃人／TANEDA AKITO
科目区分 ／Course Group	大学院（博士後期課程）　機能創成科学専攻
教室 ／Classroom
必修・選択 ／Required/Elective	選択
授業形式 ／Class Format	講義科目
メディア授業 ／Media lecture	－

担当教員情報/Instructor Information

教員名 ／Instructor	教員所属名 ／Faculty/Department
種田 晃人／TANEDA AKITO	理工学研究科／

難易度（レベル） ／Level	レベル5
対応するＤＰ ／DP	DP1･DP2･DP3
授業としての具体的到達目標 ／Concrete arrival target as the class	〇当該分野において、独力により最新の英語文献等を調査し読み解けるようになること 〇最新の計算機による生体配列解析について理解・情報収集できるようになること
授業の概要 ／Summary of the class	近年、計算手法の発展と計算機能力の飛躍的向上により、様々な自然科学的現象を計算機を用いて予測することが可能となってきた。本講義では、生命現象における重要な機能性物質である核酸配列の情報科学的側面について扱い、人工知能的アプローチによる最新の核酸構造・機能予測手法について学ぶ。また、代表的な機能性核酸配列データベースについて、その利用法を学ぶ。本講義では自然界における核酸配列の機能の理解と予測に加えて、計算機を利用した人工的な核酸配列設計手法、ならびに人工核酸配列による新規機能性物質の創出（創薬やナノ構造体構築など）の可能性についても触れ、計算機を使った核酸配列解析を機能の理解・予測・設計という３つの視点から多面的に学ぶ。
授業の内容予定 ／Contents plan of the class	授業中に指示される、以下のキーワードに関連する英語文献を読解・発表し、計算生命物質科学の理解を深めます。 第１回 核酸配列・構造の基礎的事項 第２回 機能予測手法 二次構造 第３回 機能予測手法 立体構造 第４回 機能性核酸配列・構造データベース 二次構造 第５回 機能性核酸配列・構造データベース 立体構造 第５回 自然界における核酸配列の機能の理解 高次構造 第６回 自然界における核酸配列の機能の理解 構造変化 第７回 自然界における核酸配列の予測 配列類似性 第８回 自然界における核酸配列の予測 機械学習による手法 第９回 計算機を利用した人工的な核酸配列設計手法 機械学習による手法 二次構造設計 第１０回 計算機を利用した人工的な核酸配列設計手法 機械学習による手法 立体構造設計 第１１回 計算機を利用した人工的な核酸配列設計手法 設計結果の実験による性能評価 第１２回 人工核酸配列による新規機能性物質の創出（遺伝子制御） 第１３回 人工核酸配列による新規機能性物質の創出（ナノ構造体構築など） 第１４回 分子間相互作用 （核酸-核酸） 第１５回 分子間相互作用 （核酸-たんぱく質）
成績評価方法及び採点基準 ／A scholastic evaluation method and marking standard	文献の読解結果のレポート・発表で内容理解度を判断され評価されます（１００％）。
予習及び復習等の内容 ／Contents such as preparations for lessons and the review	英語論文等をこちらで指定し配布します。それらの予習を必須とします。毎回授業内容のまとめを各自で作成し復習すること。
教材・教科書 ／The teaching materials, textbook	講義中に英語論文を指示します。
参考文献 ／bibliography	特になし
留意点・予備知識 ／Point to keep in mind, back ground	生体生命情報学（学部）、バイオインフォマティクス特論（大学院前期）を履修済みであることが望ましい。
授業内容に関する質問・疑義等 ／Question, doubt about class contents	１６：００～１７：００（1号館４２３室）
Eメールアドレス・HPアドレス ／E-mail address, HP address	taneda@ hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野） ／Discipline 1	J60:情報科学、情報工学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野） ／Discipline 2	E37:生体分子化学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野） ／Discipline 3
地域志向科目 ／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法 ／Class form, class method	セミナー形式
科目ナンバー ／The subject number	0
メディア授業による著作物利用の有無について ／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他 ／Others	特になし

No.	回（日時） ／Time (date and time)	主題と位置付け（担当） ／Subjects and instructor's position	学習方法と内容 ／Methods and contents	備考 ／Notes
該当するデータはありません