基本情報/Basic Information

開講科目名 ／Course	環境微生物学／Environmental Microbiology
時間割コード ／Course Code	A269000027
ナンバリングコード ／Numbering Code
開講所属 ／Course Offered by	農学生命科学研究科／Graduate School of Agriculture and Life Science
曜日コマ ／Day, Period	木　5
開講区分 ／Semester offered	後期／second semester
単位数 ／Credits	2.0
学年 ／Year	1,2
主担当教員 ／Main Instructor	殿内 暁夫／TONOUCHI AKIO
科目区分 ／Course Group	大学院（修士課程）
教室 ／Classroom
必修・選択 ／Required/Elective
授業形式 ／Class Format
メディア授業 ／Media lecture	－

担当教員情報/Instructor Information

教員名 ／Instructor	教員所属名 ／Faculty/Department
殿内 暁夫／TONOUCHI AKIO	農学生命科学部／Faculty of Agriculture and Life Science

難易度（レベル） ／Level	レベル5
対応するＤＰ ／DP	DP1，DP3
授業としての具体的到達目標 ／Concrete arrival target as the class	◯環境微生物学を学ぶ上で重要となる微生物の機能的・系統的多様性について理解する（見通す力・解決していく力）。 Understand the functional and phylogenetic diversity of microorganisms, which is important for studying environmental microbiology
授業の概要 ／Summary of the class	微生物は地球上の様々な生物圏に生息している。環境にどのような微生物が生息し、どのような機能を果たしているかを知るためには、機能解析・系統解析について学ぶ必要がある。環境微生物の解析法を中心に講義する。 Microorganisms inhabit various biospheres on Earth. It is necessary to learn about  functional analysis and phylogenetic analysis in order to know what microorganisms inhabit what environment and what functions they perform. For this purpose, this class will focus on the analysis of environmental microorganisms.
授業の内容予定 ／Contents plan of the class	第 1 回：ガイダンス・Rと 基本パッケージのインストール・微生物の 多様性の 概要 第 2 回：培養に依存した微生物解析 第 3 回：非培養法による微生物解析 第 4 回：微生物機能解析 第 5 回：分子系統解析I，分子系統解析の基本 第 6 回：分子系統解析I I，分子系統解析の実際 第 7 回：多様性評価I ，多様性評価の基本 第 8 回：多様 性評価I I，多様性評価の実際 第 9 回：自然界に生息する微生物の概要 第 10回：微生物の生息場所について 第 11 回：森林に生息する微生物I ， 森林の物質代謝に関わる微生物 第 12回：森林に生息する微生物 II，森林の生物に寄生・共生する微生物 第 13回：海洋に生息する微生物I，沿海・大洋に生息する微生物 第14回：海洋に生息する微生物 II，熱水噴出孔周辺に生息する微生物 第 15回：農耕地（畑）に生息する微生物と講義の総括 1: Guidance: Installation of free software R and its basic packages; Overview of microbial diversity. 2：Culture-dependent microbial analysis. 3：Non-culture-dependent microbial analysis. 4：Microbial function analysis. 5： Molecular phylogenetic analysis (I): Basics of molecular phylogenetic analysis 6： Molecular phylogenetic analysis (II): Practicas of molecular phylogenetic analysis 7: Basics of microbial diversity assesment. 8：Practicas ofmicrobial diversity assesment. 9：Overview of microorganisms living in nature. 10: Habitats of microorganisms. 11：Microorganisms that ihnabit forests (I): Microorganisms involved in substance metabolism in forests. 12：：Microorganisms that ihnabit forests (II): Microorganisms live symbiotically or parasisitcaly with orgamisms living in forests. 13：Microoganisms that inhabit sea (I): Microorganisms live in shelf seas or ocean. 14：Microoganisms that inhabit sea (II): Microorganisms live in hydrothermal vents. 15：Microoganisms that inhabit agricultural lands.
成績評価方法及び採点基準 ／A scholastic evaluation method and marking standard	授業に対する取組（30%）、中間・期末のレポート（35%+35%=70%)で評価する。 生成AIの使用は禁止する。 Grades are decided based on the class activities and the quality of the end-of-term report. The use of generative AI is prohibited.
予習及び復習等の内容 ／Contents such as preparations for lessons and the review	事前学習としては、微生物およびバイオインフォマティクスに関する基礎知識があれば理解の助けになる。 各講義の内容を講義終了後に小レポートを課すのでそれが復習になる。講義毎に次回の講義において予習しておくべきことを伝える。 No special preparation needed. A general knowlledge of microoganisms will help you understand the class.
教材・教科書 ／The teaching materials, textbook	なし No teachng materials or textbooks are used.
参考文献 ／bibliography	フリーソフトRに関する各種入門書
留意点・予備知識 ／Point to keep in mind, back ground	授業中に適時指示する。 No special preparation needed. Knowlledge of microoganisms will help you understand the class.
授業内容に関する質問・疑義等 ／Question, doubt about class contents	月曜～金曜日 8:30～17:00 在室時は基本的に対応します。
Eメールアドレス・HPアドレス ／E-mail address, HP address	symbio[at mark]hirosaki-u.ac.jp
学問分野1（主学問分野） ／Discipline 1	F38:農芸化学およびその関連分野
学問分野2（副学問分野） ／Discipline 2	F40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
学問分野3（副学問分野） ／Discipline 3	該当なし
地域志向科目 ／Local intention subject	なし
授業形態・授業方法 ／Class form, class method	PCによる解析実習
科目ナンバー ／The subject number	GA-5-2212-F38
メディア授業による著作物利用の有無について ／Whether or not copyrighted works are used in media classes	無／Nothing
その他 ／Others	主にPCを用いた講義になるのでWiFi接続が可能なノートパソコンを毎回用意すること。UNIXやRに関する基本知識があることが望ましい。PCはWindowsでもMacでも良いが、Macの方が使いやすい。
対応する汎用的スキル１ ／Transferable Skill1	有
対応する汎用的スキル２ ／Transferable Skill2	有
対応する汎用的スキル３ ／Transferable Skill3	無
対応する汎用的スキル４ ／Transferable Skill4	無
対応する汎用的スキル５ ／Transferable Skill5	無

No.	回（日時） ／Time (date and time)	主題と位置付け（担当） ／Subjects and instructor's position	学習方法と内容 ／Methods and contents	備考 ／Notes
該当するデータはありません